Serial nakręcono w Suchej, Wałbrzychu, Kliczkowie, Osówce, Lubomierzu, Szczawnie-Zdroju, Walimie, Włodarzu, Leśnej i Bolkowie (Polska) oraz w Mimoyecques (Francja).
Skonstruowana przez niemców rakieta A9/10 rozwinięcie rakiety V-2 o zasięgu międzykontynentalnym, zaopatrzona została w uran wydobywany w Kowarach (Polska). Natomiast podziemia "Riese" w rejonie Książa (Polska) miały służyć niemieckiemu programowi nuklearnemu, jest to jeden z wątków serialu który został oparty na faktach.
W produkcji serialu pomagali członkowie stowarzyszenia "Pomerania 1945", wcielając się żołnierzy jednostki Waffen-SS, oraz służyli wszelką wiedzą co do uzyskania pełnej autentyczności wydarzeń.
Fabuła filmu oparta została na faktach i rozgrywa się w ostatnich miesiącach II wojny światowej.
Replika rakiety V2 złamała się podczas transportu na plan zdjęciowy. Powodem tego było złe zamocowanie do naczepy, na której jechała. Technicy złączyli dwie połówki w jedną całość, a dzień zdjęciowy nie został stracony.
Do zdjęć wykorzystano 42 pojazdy historyczne (23 samochody wojskowe, 4 pojazdy opancerzone, 7 samochodów osobowych, 6 motocykli, 1 autobus, 1 wóz straży pożarnej) oraz unikatową broń z czasów II wojny światowej (działko kal. 20 mm, działko kal. 75 mm, panzerfausty ? niemieckie bezodrzutowe granatniki przeciwpancerne jednorazowego użytku, karabiny i pistolety maszynowe).
Telewizję Polską "Tajemnica twierdzy szyfrów" kosztowała 13 mln zł.
Aktorów uczono noszenia munduru, tego, w której kieszeni mają być dokumenty, w której rękawiczki, jak zdejmować kapelusz. Uczono ich również, którą ręką salutować, jak stać na baczność i wielu innych praktycznych gestów.
Postać grana przez Cezarego Żaka, na specjalne życzenie aktora, została rozszerzona o uzależnienie od narkotyków.
Serial zrealizowano w ciągu 105 dni zdjęciowych. Dzień nagrań zaczynał się o godz. 8:00 w szatniach i garderobach, a kończył często o 3-4 w nocy.
W serialu wzięło udział 8 grup rekonstrukcyjnych: Pomerania 1945, Normandia 44, Festung Breslau, Aufklärungs-Abteilung 7 (AA7), Arnhem 44, Trójmiejska Grupa Rekonstrukcji Historycznych (TGRH), Grupa Rekonstrukcji Historycznych ?Pilica?, Czeska Grupa Rekonstrukcyjna.
Paweł Małaszyński zgodził się zagrać w serialu, pomimo iż wcześniej nie przeczytał scenariusza, ani książki Bogusława Wołoszańskiego.
W czasie zdjęć do serialu aktorzy mieszkali w zamku Czocha i Książ.